Факультет был открыт в 1940 году 13 июня в г. Пржевальск решением народной комиссии. В двух летнем преподавательском институте вначале были открыты 3 факультета. Одним из первых был открыт физико-математический факультет, в который было принято 50 человек. Из них 25 человек были кыргызами.
Президент Кыргызкой Республиканской Государственной научной академии. С большой гордостью можем сказать то, что в 1949 г. т.и.д., академик Жээнбаев и ф.м.и.д., профессор И. Бийбосунов заканчивали наш факультет.
В 1953 году, на базе Пржевальского городского учебного заведения был открыт педагогический институт, который работал до 1987г. За время своего существования помогал в процветании нашего региона.
В 1953 году, на базе преподавательского института был основан Пржевальский Государственный педагогический институт. В это время было всего два факультета: физико-математический и факультет филологии, обучались всего 345 студентов. В начале этих годов на физико-математическом факультете, было принято на первый курс 52 студента. Большинство коллектива преподавателей были выпускники из Кыргызского Государственного педагогического института (КГПИ) и Кыргызского Государственного университета (КГУ). На физико-математическом факультете была кафедра математики и в ней работали 4 преподавателя, заведующая кафедрой была Юдина Н.В.. На кафедре многие года не было кандидат науки и, в том числе была нехватка литературы по некоторым предметам. В институте и на факультете со временем происходили большие изменения.
В 1970 году из физико-математического факультета выделился факультет математики. Первым деканом математического факультета был избран старший преподаватель Муканов А.М.. На факультете было 3 кафедры: кафедра математики – заведующий кафедрой был Саламатов Д., кафедра методов обучения математики – заведующий был Мусаев С.М., кафедра алгебры и математики – заведующий Марченко Ф.И.. На трех кафедрах математического факультета работали 25 преподавателей, из них двое кандидаты наук, 17 старших преподавателей и 6 преподавателей.
На физико-математическом факультете в 1953-1972 годах было 1153 выпускников. А на факультете математики в 1972-1978 годах – 655 выпускников. Выпускники из факультета: Кайбылдаева А.К., Барктабасов Э.Д., Барктабасова А.Т., Бектуров Ж., Бексултанов А., Качаганова Э., Жанышова Т.Э., Муканбетов Ж.Б., Пузынина В.П., Сыдыков Б., Симон Г.А., оставались на факультете работать преподавателями.
В 1973-1975 годах, деканом факультета был кандидат педагогических наук, доцент Мусаев С.М.
В 1974 году, на факультете было создана новая кафедра "Вычислительная математика и программирования", заведующий кафедрой был назначен Астофьев А.П.
В 1975-1982 годах, деканом факультете был кандидат физико-математических наук, доцент Жусупов К.. В этих годах отделился зал ЭВМ от кафедры вычислительной математики, и было сформулирован вычислительный центр Пржевальского Государственного педагогического института.
В 1981-1982 годах, и.о. декана был назначен кандидат педагогических наук, доцент Садыков С.С..
В 1982-1987 годах выполнял работу декана кандидат физико-математических наук, доцент Кайбылдаев О.К.. В это время на факультете вели свои работы 4 кафедры: математический анализ, методы обучения математики, алгебры и геометрии, вычислительная математики и программирование.
В 1987-1989 годах, деканом факультете стал кандидат технических наук, профессор Абдылдаев Э.К.
В 1989-1994 годах, деканом факультета был кандидат физико-математических наук, доцент Суйманов К.С.
В 1994-1996 годах факультеты математики и физики, снова были присоединены и этот факультет был назвал физико-математический. В этих годах деканом факультета стал кандидат физико-математических наук, профессор Рыскулов А.Р.
В 1996-1998 годах, отделился факультет математики. Деканом факультета был назначен доктор технических наук, профессор Абдылдаев Э.
В 1998-2001 годах, кандидат технических наук, и.о. профессора Мурзакматов М.У. был назначен деканом факультета.
В 2000 году факультет "математики был переименован в факультет "Математики и Информатики".
В 2001 году старший преподаватель Мамыров Ж.М. был назначен деканом факультета.
В 2005 году факультет был переименован в факультет «Математики и Информационных Технологий».
С момента возникновения и начала работы проработали и внесли свои труды к качественному преподаванию студентам, доктора и кандидаты наук. К ним можно отнести доктора наук Абдылдаев Э., Жаныбеков Ч., кандидаты наук Мусаев С., Абдылдаев А., Минбаев А., Астафьев В., Баялиева С., Сулайманов К., Опенендер Б., Омуралиев А., Жураев А., Горжалсан И. и других.
Выпуски факультета доктора наук Усенов К., Байсалов К., кандидаты наук Сейитказиев Р., Рыскелдиев Б., Абдиев А., Тултуков Б., Абдылдаев К., Муканов Т., Эгембердиев Ш., Деревянкина О., Мунайтбасова Г., Омуралиев С. И другие работают в ВУЗах Кыргызской республики.
Среди выпускников факультета есть работники высших государственных постов. На сегодняшний день к ним относятся спикера совета безопасности К.Р. Мамытова Т., известного государственного работника Сааданбекова Ж. и дригие.
В 1944 году, Утуров Жамангул поступил в Каракольский педагогический институт на физико-математический факультет, закончил в 1946. С 1946 по 1951 год он работал учителем физики и математики в школе имени Горького в Тонском районе. Затем до конца своей жизни работал завучем и директором в этом же районе в школе Болота Мамбетова. Его труд был высоко оценен и награжден орденом труда Красного Знамя Ленина, а так же несколькими медалями. Ему в 1976 году было присвоено звание "заслуженного учителя Кыргызской ССР". В 1981 году среди учителей Кыргызстана первым и последним получил звание "Народный учитель СССР". В данное время работающим директором школы-лицея имени "Сатылганова" Ж. Орубекова, закончив факультет по профессии математики. За многолетний труд она первой в Ысыккульской области получила звание "Народного учителя К.Р.". Так же выпускник факультета Э. Барктабасов получил звание "отличник народного образования СССР". С такими выпускниками не возможно не гордится.
Большинство выпускников работают директорами школ и инспекторами научных отделений в разных районах и областях. Это Иманалиева Б., Сакеев К., Термечиков Д., Садыров Т., Конурбаева Ч., Стаханов М., Сартпаев Э., Атыгаев Т., Омурбеков А. и другие. Кроме того во всех регионах Республики работают наши выпускники (в телекомах, банках, компьютерных клубах и в других местах).
У факультета есть научно-практические связи со всеми государственными университетами. Такие как Кыргызский Национальный университет имени Ж. Баласагына, Кыргызский Государственный университет имени И. Арабаева.
На сегодняшний день на факультете математики и информационных технологий работают 71 человек. Из них 1 доктор наук, 6 кандидат наук, 14 старших преподавателей, 37 преподавателей, 9 старших лаборантов и 4 программиста. Среди них отличники народного образования Ж.Мамыров, С.Салыков, А.Тогочуев, М.Мурзакматов. Основная цель профессорско-преподавательской общности – дать студентам современное высшее образование, готовить образованных молодых специалистов.